This is a partial list of molecules that contain 6 carbon atoms.
| Synonyms | CAS number | |
| C6ClF5O2S | 832-53-1 | |
| C6CrO6 | 13007-92-6 | |
| C6Cr23 | 12105-81-6 | |
| C6F14NO | 1423-13-8 | |
| C6F10 | 355-75-9 | |
| C6F10O2 | 37881-62-2 | |
| C6F10O3 | 356-42-3 | |
| C6F13I | 355-43-1 | |
| C6HBr5O | 608-71-9 | |
| C6HCl3O2 | 634-85-5 | |
| C6HCl5S | 133-49-3 | |
| C6HF11 | 308-24-7 | |
| C6H2Cl2O4 | 87-88-7 | |
| C6H2Cl5N | 527-20-8 | |
| C6H2F4O2 | 771-63-1 | |
| C6H3ClO2 | 695-99-8 | |
| C6H3Br3 | ||
| C6H3F7O2 | 356-28-5 | |
| C6H3O5Re | 14524-92-6 | |
| C6H4 | 462-80-6 | |
| C6H4Br2 | ||
| C6H4BrCl3Si | 27752-77-8 | |
| C6H4BrI | 589-87-7 | |
| C6H4F6O2 | 2160-89-6 | |
| C6H4N | 129836-93-7 | |
| C6H4N2O | 273-09-6 | |
| C6H4N4O2 | 487-21-8 | |
| C6H4O6 | 319-89-1 | |
| C6H4S2 | 81044-78-2 | |
| C6H4S4 | 31366-25-3 | |
| C6H5 | 2396-01-2 | |
| C6H5AsCl2 | 696-28-6 | |
| C6H5BO2 | 274-07-7 | |
| C6H5BrHg | 1192-89-8 | |
| C6H5BrSe | 34837-55-3 | |
| C6H5ClO2S | 98-09-9 | |
| C6H5ClSe | 5707-04-0 | |
| C6H5Cl2OP | 3426-89-9 | |
| C6H5Cl3Ge | 1074-29-9 | |
| C6H5Cl3Si | 98-13-5 | |
| C6H5Cl3Sn | 1124-19-2 | |
| C6H5FO2S | 368-43-4 | |
| C6H5F3Si | 368-47-8 | |
| C6H5F5O3 | 104857-88-7 | |
| C6H5HgI | 823-04-1 | |
| C6H5N | 27659-36-5 | |
| C6H5NOS | 4650-60-6 | |
| C6H5NO2 | 55-22-1 | |
| C6H5NO2 | 59-67-6 | |
| C6H5N3O5 | 96-91-3 | |
| C6H5O | 2122-46-5 | |
| C6H5S | 4985-62-0 | |
| C6H6 | 71-43-2 | |
| C6H6 | 659-85-8 | |
| C6H6 | 497-20-1 | |
| C6H6Cl2Si | 1631-84-1 | |
| C6H6Cl6 | 58-89-9 | |
| C6H6Cr | 61332-93-2 | |
| C6H6FNO2S | 368-50-3 | |
| C6H6N | 2348-49-4 | |
| C6H6N2O | 22047-25-2 | |
| C6H6N2O | 98-92-0 | |
| C6H6N2O2 | 104-98-3 | |
| C6H6O | 1487-18-9 | |
| C6H6O | 291-70-3 | |
| C6H6O | 108-95-2 | |
| C6H6OS | 27610-20-4 | |
| C6H6O2 | 120-80-9 | |
| C6H6O2 | 123-31-9 | |
| C6H6O2 | 108-46-3 | |
| C6H6O3 | 3420-59-5 | |
| C6H6O3 | 1334-76-5 | |
| C6H6O3S | 98-11-3 | |
| C6H6O5 | 500000-19-1 | |
| C6H6S | 108-98-5 | |
| C6H6Se | 645-96-5 | |
| C6H6V | 61332-91-0 | |
| C6H7 | 136202-28-3 | |
| C6H7AsO3 | 98-05-5 | |
| C6H7N | 62-53-3 | |
| C6H7NO | 100-55-0 | |
| C6H7NO | 586-98-1 | |
| C6H7NO2S | 98-10-2 | |
| C6H7NO3 | 3288-52-6 | |
| C6H7NO3S | 599-71-3 | |
| C6H7NO3S | 121-47-1 | |
| C6H7N3O | 54-85-3 | |
| C6H7N3O | 553-53-7 | |
| C6H7P | 638-21-1 | |
| C6H7Si | 72975-30-5 | |
| C6H8 | 27567-82-4 | |
| C6H8 | 50786-62-4 | |
| C6H8AsNO3 | 98-50-0 | |
| C6H8BrN | 542-11-0 | |
| C6H8ClNS | 533-45-9 | |
| C6H8Cl2O2 | 111-50-2 | |
| C6H8N2 | 111-69-3 | |
| C6H8N2 | 3731-52-0 | |
| C6H8N2O | 6705-31-3 | |
| C6H8N2O2 | 2209-36-1 | |
| C6H8O2 | 100-73-2 | |
| C6H8O2 | 2381-87-5 | |
| C6H8O2 | 14861-06-4 | |
| C6H8O4 | 2459-05-4 | |
| C6H9B | 7217-01-8 | |
| C6H9ClO | 4524-93-0 | |
| C6H9ClO2 | 1888-94-4 | |
| C6H9F3O2 | 17355-83-8 | |
| C6H9N | 4254-02-8 | |
| C6H9NO6 | 139-13-9 | |
| C6H9NS | 33522-03-1 | |
| C6H9N3O3 | 443-48-1 | |
| C6H9N6O3P | 14838-15-4 | |
| C6H9O6Sc | 3804-23-7 | |
| C6H9P | 3746-01-8 | |
| C6H10 | 110-83-8 | |
| C6H10 | 1528-21-8 | |
| C6H10 | 157-45-9 | |
| C6H10B2N4 | 16998-91-7 | |
| C6H10CaO6 | 5743-47-5 | |
| C6H10Cl2O2 | 37079-08-6 | |
| C6H10Cl2Si | 3651-23-8 | |
| C6H10N2 | 80201-75-8 | |
| C6H10N2O2 | 7491-74-9 | |
| C6H10N2O4 | 1972-28-7 | |
| C6H10N4 | 54-95-5 | |
| C6H10O | 3019-25-8 | |
| C6H10O | 108-94-1 | |
| C6H10O | 286-20-4 | |
| C6H10O | 1335-39-3 | |
| C6H10O | 77-75-8 | |
| C6H10OS | 41820-22-8 | |
| C6H10OS2 | 539-86-6 | |
| C6H10O2 | 765-85-5 | |
| C6H10O2 | 500033-42-1 | |
| C6H10O2 | 3400-45-1 | |
| C6H10O2 | 4606-07-9 | |
| C6H10O2 | 689-12-3 | |
| C6H10O2 | 6622-76-0 | |
| C6H10O2S | 72867-23-3 | |
| C6H10O2S2 | 615-85-0 | |
| C6H10O3 | 6295-06-3 | |
| C6H10O3 | 599-04-2 | |
| C6H10O4 | 124-04-9 | |
| C6H10O5 | 1609-47-8 | |
| C6H10O8 | 526-99-8 | |
| C6H10O8 | 87-73-0 | |
| C6H10S2 | 2179-57-9 | |
| C6H10S3 | 2050-87-5 | |
| C6H10S4 | 2444-49-7 | |
| C6H11 | 3170-58-9 | |
| C6H11BrHg | 10192-55-9 | |
| C6H11BrN2O2 | 496-67-3 | |
| C6H11BrO2 | 18991-98-5 | |
| C6H11ClO | 142-61-0 | |
| C6H11ClO2 | 590-02-3 | |
| C6H11ClO2 | 17696-64-9 | |
| C6H11N | 628-73-9 | |
| C6H11N | 3302-16-7 | |
| C6H11NO | 4030-18-6 | |
| C6H11NO | 105-60-2 | |
| C6H11NOS2 | 4478-93-7 | |
| C6H11NO2 | 6050-26-6 | |
| C6H11NO2 | 4043-87-2 | |
| C6H11NO3S | 556-27-4 | |
| C6H11NS | 597-97-7 | |
| C6H11N2O4PS3 | 950-37-8 | |
| C6H11O2Tl | 34244-90-1 | |
| C6H11O3P | 23679-20-1 | |
| C6H11O3P | 824-11-3 | |
| C6H12 | 110-82-7 | |
| C6H12ClI | 34683-73-3 | |
| C6H12Cl2S2 | 3563-36-8 | |
| C6H12NO3P | 2537-48-6 | |
| C6H12N2 | 54166-22-2 | |
| C6H12N2 | 280-57-9 | |
| C6H12N2O | 4138-26-5 | |
| C6H12N2O | 19889-77-1 | |
| C6H12N2O4 | 627-74-7 | |
| C6H12N2S | 22205-64-7 | |
| C6H12N2S3 | 97-74-5 | |
| C6H12N2S4 | 137-26-8 | |
| C6H12N2S4Zn | 137-30-4 | |
| C6H12N4 | 100-97-0 | |
| C6H12O | 108-93-0 | |
| C6H12O | 3637-61-4 | |
| C6H12O | 66-25-1 | |
| C6H12O | 6140-80-3 | |
| C6H12O | 108-10-1 | |
| C6H12O | 592-90-5 | |
| C6H12O | 109-53-5 | |
| C6H12OS | 928-47-2 | |
| C6H12O2 | 766-07-4 | |
| C6H12O2 | 76086-05-0 | |
| C6H12O2 | 142-62-1 | |
| C6H12O2 | 110-19-0 | |
| C6H12O2 | 110-45-2 | |
| C6H12O2 | 637-78-5 | |
| C6H12O3 | 7397-62-8 | |
| C6H12O3 | 154016-61-2 | |
| C6H12O3 | 123-63-7 | |
| C6H12O3 | 54078-53-4 | |
| C6H12O3 | 616-09-1 | |
| C6H12O4 | 2093-20-1 | |
| C6H12O4 | 32574-16-6 | |
| C6H12O5 | 488-73-3 | |
| C6H12O6 | 7660-25-5 | |
| C6H12O6 | 26566-61-0 | |
| C6H12O6 | 50-99-7 | |
| C6H12O6 | 87-89-8 | |
| C6H12O6 | 551-68-8 | |
| C6H12O7 | 526-95-4 | |
| C6H12S | 1569-69-3 | |
| C6H12S | 17066-32-9 | |
| C6H12S | 4753-80-4 | |
| C6H12Si | 10519-87-6 | |
| C6H13N | 22023-64-9 | |
| C6H13N | 108-91-8 | |
| C6H13N | 1743-56-2 | |
| C6H13N | 28916-23-6 | |
| C6H13NO | 628-02-4 | |
| C6H13NO2 | 4312-93-0 | |
| C6H13NO2 | 73-32-5 | |
| C6H13NO2 | 61-90-5 | |
| C6H13NO2 | 2480-23-1 | |
| C6H13NO2 | 60-32-2 | |
| C6H13NS2 | 75534-76-8 | |
| C6H13O3P | 682-30-4 | |
| C6H14 | 110-54-3 | |
| C6H14FO2P | 18358-34-4 | |
| C6H14FO2P | 2261-83-8 | |
| C6H14FO2P | 13454-59-6 | |
| C6H14FO3P | 55-91-4 | |
| C6H14Hg | 1071-39-2 | |
| C6H14NO4P | 597-25-1 | |
| C6H14N2 | 821-67-0 | |
| C6H14N2O2 | 56-87-1 | |
| C6H14N2O2 | 500015-53-2 | |
| C6H14N4O2 | 1071-93-8 | |
| C6H14O | 108-20-3 | |
| C6H14OS | 2211-89-4 | |
| C6H14OS | 4253-91-2 | |
| C6H14OSi | 18146-00-4 | |
| C6H14O2 | 4439-24-1 | |
| C6H14O2S | 34008-93-0 | |
| C6H14O2S | 6178-53-6 | |
| C6H14O3 | 106-62-7 | |
| C6H14O3 | 25265-71-8 | |
| C6H14O4 | 112-27-6 | |
| C6H14O4S | 598-05-0 | |
| C6H14O5 | L-fucitol 6-deoxy-L-galactitol | 13074-06-1 |
| C6H14O6 | 608-66-2 | |
| C6H14O6 | 488-44-8 | |
| C6H14O6 | 50-70-4 | |
| C6H14O6 | 69-65-8 | |
| C6H14O6 | 643-01-6 | |
| C6H14O6 | 25878-23-3 | |
| C6H14O6 | 488-45-9 | |
| C6H14O6 | 5552-13-6 | |
| C6H14S | 625-80-9 | |
| C6H14S2 | 34525-28-5 | |
| C6H14S3 | 6028-61-1 | |
| C6H14S4 | 52687-98-6 | |
| C6H15Al | 97-93-8 | |
| C6H15AlO3 | 555-75-9 | |
| C6H15As | 617-75-4 | |
| C6H15Bi | 617-77-6 | |
| C6H15Bi | 617-77-6 | |
| C6H15BO3 | 150-46-9 | |
| C6H15ClPb | 1067-14-7 | |
| C6H15Ga | 1115-99-7 | |
| C6H15In | 923-34-2 | |
| C6H15N | 121-44-8 | |
| C6H15N | 108-18-9 | |
| C6H15NO2 | 110-97-4 | |
| C6H15NO2 | 38711-20-5 | |
| C6H15NO2 | 139-87-7 | |
| C6H15NO3 | 102-71-6 | |
| C6H15O2PS3 | 640-15-3 | |
| C6H15O3P | 78-38-6 | |
| C6H15O3PS | 28460-01-7 | |
| C6H15O4P | 78-40-0 | |
| C6H16NO3P | 2404-03-7 | |
| C6H16N2 | 60678-65-1 | |
| C6H16N2O2 | 3129-93-9 | |
| C6H16N2S | 13643-20-4 | |
| C6H16N4O6 | 54800-07-6 | |
| C6H16O5P2 | 32288-17-8 | |
| C6H16Si | 3429-52-5 | |
| C6H17BeF4N3O6 | 2396-72-7 | |
| C6H17N2O2P | 2404-65-1 | |
| C6H17N3O10S | 513-29-1 | |
| C6H18BN | 1722-26-5 | |
| C6H18N3P3 | 6607-30-3 | |
| C6H18N4 | 112-24-3 | |
| C6H18O3Si3 | 54-15-9 | |
| C6H18O3Si3 | 541-05-9 | |
| C6H18SSn2 | 1070-91-3 | |
| C6H18SeSn2 | 7262-34-2 | |
| C6H18Sn2 | 661-69-8 | |
| C6H18W | 36133-73-0 | |
| C6H21N3Si3 | 1009-93-4 | |
| C6MoO6 | 13939-06-5 | |
| C6N2 | 16419-78-6 | |
| C6N4 | 670-54-2 | |
| C6O6V | 14024-00-1 | |
| C6O6W | 14040-11-0 | |