The events of 1999 in anime.
At the Mainichi Film Awards, won the Animation Film Award and The Old Man and the Sea won the Ōfuji Noburō Award. Internationally, The Old Man and the Sea also won the Academy Award for Best Animated Short Film.
| Released | English name | Japanese name | Type | Studio | Demographic | Regions | Ref | |
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| July 23 | Ten Tokyo Warriors | 倒凶十将伝 (Tokyo Juushouden) | OVA | |||||
| アドバンスドポリス (Adobansudo Porisu) | TV | AIC | ||||||
| Amazing Nurse Nanako | 菜々子解体診書 (Nanako Kaitai Shinsho) | OVA | RADIX | |||||
| Angel Links | 星方天使エンジェルリンクス (Seihō Tenshi Enjeru Rinkusu) | TV | Sunrise, Bandai Visual | |||||
| Arc the Lad | アークザラッド (Āku za raddo) | TV | Bee Train | |||||
| Black Heaven | 課長王子 (Kachō-Ōji) | TV | AIC, APPP | |||||
| Blue Gender | ブルージェンダー (Burū Jendā) | TV | AIC | |||||
| Break-Age | ブレイクエイジ | OVA | Beam Entertainment | [1] | ||||
| Bucky: The Incredible Kid | ジバクくん TWELVE WORLDS STORY (Jibaku-kun: Tuerubu Wārudo Sutōrī) | TV | Trans Arts | |||||
| 劇場版カードキャプターさくら (Gekijō-ban Kādokyaputā Sakura) | Movie | Madhouse | [2] | |||||
| 名探偵コナン 世紀末の魔術師 (Meitantei Konan: Seikimatsu no Majutsushi) | Movie | TMS Entertainment | [3] | |||||
| City Hunter: Death of the Vicious Criminal Ryo Saeba | シティーハンター 緊急生中継！？ 凶悪犯冴羽獠の最期 (City Hunter Special: Kinkyū Seichūkei!? Kyōakuhan Saeba Ryo no Saigo) | TV | Sunrise | [4] | ||||
| Corrector Yui | コレクター・ユイ (Korekutā Yui) | TV | Nippon Animation | |||||
| April 2 | To Heart | TV | OLM, Inc. | |||||
| クレヨンしんちゃん 爆発!温泉わくわく大決戦 (Kureyon Shinchan: Bakuhatsu! Onsen Wakuwaku Daikessen) | Movie | Shin-Ei Animation | [5] | |||||
| Crest of the Stars | 星界の紋章 (Seikai no Monshō) | TV | Sunrise | |||||
| Cyber Team in Akihabara: Summer Vacation of 2011 | 劇場版 アキハバラ電脳組 2011年の夏休み (Akihabara Dennō Gumi: 2011 Nen no Natsuyasumi) | Movie | Production I.G, Xebec | [6] | ||||
| October 2 | Cyborg Kuro-chan | サイボーグクロちゃん (Saibōgu Kurochan) | TV | Studio Bogey | ||||
| Di Gi Charat | デ・ジ・キャラット (De Ji Kyaratto) | TV | Madhouse | |||||
| Digimon Adventure | デジモンアドベンチャー (Dejimon Adobenchā) | Movie | Toei Animation | [7] | ||||
| Digimon Adventure | デジモンアドベンチャー (Dejimon Adobenchā) | TV | Toei Animation | |||||
| April 6 | TV | |||||||
| ドラえもん のび太の宇宙漂流記 (Doraemon: Nobita no Uchū Hyōryūki) | Movie | Shin-Ei Animation | [8] | |||||
| Doraemon: Nobita's the Night Before a Wedding | ドラえもん のび太の結婚前夜 (Doraemon: Nobita no Kekkon Zenya) | Movie | Shin-Ei Animation | [9] | ||||
| The Doraemons: Funny Candy of Okashinana!? | ザ☆ドラえもんズ おかしなお菓子なオカシナナ？ (The☆Doraemons: Okashina Okashi na Okashinana?) | Movie | Shin-Ei Animation | [10] | ||||
| Doctor Slump: Arale's Surprise Burn | ドクタースランプ アラレのびっくりバーン (Dokutā Suranpu: Arare no Bikkuri Bān) | Movie | Toei Animation | [11] | ||||
| Ebichu Minds the House | おるちゅばんエビちゅ (Oruchuban Ebichu) | TV | Gainax | |||||
| Excel Saga | エクセル♥サーガ (Ekuseru Sāga) | TV | J.C.Staff | Seinen | ||||
| The File of Young Kindaichi 2: Murderous Deep Blue | 金田一少年の事件簿２ 殺戮のディープブルー (Kindaichi Shōnen no Jikenbo 2: Satsuriku no Deep Blue) | Movie | Toei Animation | [12] | ||||
| Guru Guru Town Hanamaru-kun | ぐるぐるタウン はなまるくん | TV | Pierrot | [13] | ||||
| Gokudo the Adventurer | ゴクドーくん漫遊記 (Gokudō-kun Man'yūki) | TV | Trans Arts | |||||
| Great Teacher Onizuka | グレート・ティーチャー・オニヅカ (Gurēto Tīchā Onizuka) | TV | Studio Pierrot | |||||
| Gundress | ガンドレス (GUNDRESS) | Movie | [14] | |||||
| Hunter × Hunter | ハンター x ハンター (Hantā x Hantā) | TV | Nippon Animation | |||||
| I'm Gonna Be An Angel! | 天使になるもんっ！ (Tenshi ni Naru mon!) | TV | Studio Pierrot | |||||
| Infinite Ryvius | 無限のリヴァイアス (Mugen no Rivaiasu) | TV | Sunrise | |||||
| 十兵衛ちゃん (Jūbei-chan) | TV | Madhouse | ||||||
| King of Sushi | 将太の寿司 心にひびくシャリの味 (Shōta no Sushi: Kokoro ni Hibiku Shari no Aji) | TV | Studio Comet | [15] | ||||
| KochiKame: The Movie | こちら葛飾区亀有公園前派出所 -The Movie- (Kochira Katsushika-ku Kameari Kōen Mae Hashutsujo: The Movie) | Movie | Studio Gallop | [16] | ||||
| Legend of Himiko | 火魅子伝 (Himiko-Den) | TV | Group TAC | |||||
| Let's Go! Anpanman: When the Flower of Courage Opens | それいけ! アンパンマン 勇気の花がひらくとき (Soreike! Anpanman Yūki no Hana ga Hiraku Toki) | Movie | TMS Entertainment | [17] | ||||
| Let's Go! Anpanman: Anpanman and Their Fun Friends | それいけ!アンパンマン アンパンマンとたのしい仲間たち (Soreike | Anpanman Anpanman to Tanoshii Nakama-tachi) | Movie | TMS Entertainment | [18] | |||
| Lupin III: The Columbus Files | ルパン三世『愛のダ・カーポ ～Fujiko's Unlucky Days』 (Rupan Sansei: Ai no Da Kāpo – Fujiko's Unlucky Days) | TV | TMS Entertainment | [19] | ||||
| Magic User's Club | 魔法使いTai! (Mahō Tsukai Tai | ) | TV | Madhouse, Triangle Staff | ||||
| Magical DoReMi | おジャ魔女どれみ (Ojamajo Doremi) | TV | Toei Animation | |||||
| Marco: 3000 Leagues in Search of Mother | MARCO ～母をたずねて三千里～ (Marco: Haha o Tazunete Sanzenri) | Movie | Nippon Animation | [20] | ||||
| Medabots | メダロット (Medarotto) | TV | Bee Train | |||||
| Microman: The Small Giant | 小さな巨人ミクロマン (Chiisana Kyōjin Mikuroman) | TV | Pierrot | [21] | ||||
| Microman vs. Gorgon | 小さな巨人 ミクロマン 大激戦！ミクロマンVS最強戦士ゴルゴン (Chiisana Kyōjin Microman: Daigekisen! Microman VS Saikyō Senshi Gorgon) | Movie | Pierrot | [22] | ||||
| Monster Rancher | モンスターファーム (Monsutā Fāmu) | TV | TMS Entertainment | |||||
| My Neighbors the Yamadas | ホーホケキョとなりの山田くん (Hōhokekyo Tonari no Yamada-kun) | Movie | Studio Ghibli | [23] | ||||
| Now and Then, Here and There | 今、そこにいる僕 (Ima, Soko ni Iru Boku) | TV | AIC | |||||
| One Piece | ワンピース (Wan Pīsu) | TV | Toei Animation | |||||
| Pet Shop of Horrors | ペットショップ オブ ホラーズ (Pettoshoppu obu Horāzu) | TV | Madhouse | Shōjo, Josei | ||||
| Phantom Thief Jeanne | 神風怪盗ジャンヌ (Kamikaze Kaitō Jannu) | TV | Toei Animation | |||||
| Pikachu's Rescue Adventure | ピカチュウたんけんたい (Pikachu Tankentai) | Movie | Oriental Light and Magic | [24] | ||||
| Pokémon the Movie 2000 | 劇場版ポケットモンスター 幻のポケモン ルギア爆誕 (Gekijōban Poketto Monsutā Maboroshi no Pokemon Rugia Bakutan) | Movie | Oriental Light and Magic | [25] | ||||
| Power Stone | パワーストーン (Pawā Sutōn) | TV | Pierrot | [26] | ||||
| Re-Birthday | ハッピーバースデー 命かがやく瞬間 (Happy Birthday: Inochi Kagayaku Toki) | Movie | Magic Bus | [27] | ||||
| アレクサンダー戦記 (Arekusandā Senki) | OVA | Madhouse | ||||||
| Rerere's Genius Bakabon | レレレの天才バカボン (Rerere no Tensai Bakabon) | TV | Pierrot | [28] | ||||
| Revolutionary Girl Utena: Adolescence of Utena | 少女革命ウテナ アドゥレセンス黙示録 (Shōjo Kakumei Utena Aduresensu Mokushiroku) | Movie | J.C. Staff | |||||
| She and Her Cat | 彼女と彼女の猫 (Kanojo to Kanojo no Neko) | OVA | Liden Films | |||||
| Space Pirate Mito | 宇宙海賊ミトの大冒険 (Uchū Kaizoku Mito no Daibōken) | TV | ||||||
| Soul Hunter | 仙界伝 封神演義 (Senkaiden Hōshin Engi) | TV | Studio Deen | |||||
| Starship Girl Yamamoto Yohko | それゆけ!宇宙戦艦ヤマモト・ヨーコ (Soreyuke | Uchū Senkan Yamamoto Yōko) | TV | J.C.Staff, T-Up | ||||
| Steel Angel Kurumi | 鋼鉄天使くるみ (Kōtetsu Tenshi Kurumi) | TV | Oriental Light and Magic | |||||
| Tenamonya Voyagers | てなもんやボイジャーズ | TV | Pierrot | [29] | ||||
| Tenchi Forever! The Movie | 天地無用 IN LOVE 2! − 遙かなる想い (Tenchi Muyō in Rabu Tsū | Haruka naru omoi) | Movie | AIC | [30] | |||
| The Big O | THE ビッグオー (Za Biggu Ō) | TV | Sunrise | |||||
| Tokimeki Memorial | ときめきメモリアル (Tokimeki Memoriaru) | OVA | Pierrot | [31] | ||||
| Turn A Gundam | ∀ガンダム (Tān Ē Gandamu) | TV | Sunrise | |||||
| You're Under Arrest: The Movie | 劇場版逮捕しちゃうぞ (Gekijōban Taiho Shichauzo) | Movie | Studio Deen | [32] | ||||
| Yu-Gi-Oh! | 遊☆戯☆王 (Yū☆Gi☆Ō) | Movie | Toei Animation | [33] | ||||
| Zeno – For the Infinity of Love | ゼノ かぎりなき愛に (Zeno – Kagiri Naki Ai ni) | Movie | Toei Animation | [34] | ||||
| November 30 | Charm Point 1 Sister's Rondo | OVA | ||||||
| Zoids | ゾイド -ZOIDS- (Zoido) | TV | Xebec | |||||
| August 25 | Words Worth | ワーズ・ワース(Wordsworth) | OVA | Green BunnyArms Corporation |