This page records the details of the Japan national football team in 1999.
| Player | -1998 | 03.31 | 06.03 | 06.06 | 06.29 | 07.02 | 07.05 | 09.08 | 1999 | Total | |
| Masami Ihara | 119(5) | O | - | - | O | - | O | - | 3(0) | 122(5) | |
| Tsuyoshi Kitazawa | 57(3) | - | - | O | - | - | - | - | 1(0) | 58(3) | |
| Naoki Soma | 53(4) | O | O | O | - | O | - | O | 5(0) | 58(4) | |
| Hiroshi Nanami | 47(6) | O | O | O | O | O | O | - | 6(0) | 53(6) | |
| Masashi Nakayama | 31(14) | O | - | - | - | - | - | - | 1(0) | 32(14) | |
| Yutaka Akita | 30(3) | O | O | O | O | O | O | O | 7(0) | 37(3) | |
| Yoshikatsu Kawaguchi | 30(0) | - | O | - | - | O | - | O | 3(0) | 33(0) | |
| Shoji Jo | 27(5) | O | - | - | O | O | O | O | 5(0) | 32(5) | |
| Hidetoshi Nakata | 26(6) | O | O | O | - | - | - | - | 3(0) | 29(6) | |
| Masayuki Okano | 24(2) | - | - | - | - | - | O | - | 1(0) | 25(2) | |
| Wagner Lopes | 13(3) | O | O | O | O(1) | O | O(1) | O | 7(2) | 20(5) | |
| Toshihide Saito | 13(0) | O | O | O | - | O | - | - | 4(0) | 17(0) | |
| Masaaki Sawanobori | 11(2) | - | - | - | - | - | - | O | 1(0) | 12(2) | |
| Eisuke Nakanishi | 11(0) | - | - | - | - | - | - | O | 1(0) | 12(0) | |
| Toshihiro Hattori | 7(0) | - | O | O | O | - | O | O | 5(0) | 12(0) | |
| Toshiya Fujita | 6(2) | - | O | O | - | O | O | - | 4(0) | 10(2) | |
| Kazuaki Tasaka | 4(0) | O | O | - | O | - | - | - | 3(0) | 7(0) | |
| Shigeyoshi Mochizuki | 3(0) | - | - | - | O | - | O | - | 2(0) | 5(0) | |
| Teruyoshi Ito | 2(0) | O | O | O | O | O | O | O | 7(0) | 9(0) | |
| Atsushi Yanagisawa | 2(0) | O | O | O | - | - | - | O | 4(0) | 6(0) | |
| Seigo Narazaki | 2(0) | - | - | O | O | - | O | - | 3(0) | 5(0) | |
| Daisuke Oku | 1(0) | - | O | O | O | - | O | O(1) | 5(1) | 6(1) | |
| Tatsuhiko Kubo | 1(0) | - | - | - | - | - | - | O | 1(0) | 2(0) | |
| Ryuzo Morioka | 0(0) | O | O | O | O | O | O | O | 7(0) | 7(0) | |
| Atsuhiro Miura | 0(0) | - | - | O | O(1) | O | O | O | 5(1) | 5(1) | |
| Takashi Fukunishi | 0(0) | - | - | - | O | O | - | O | 3(0) | 3(0) | |
| Takashi Shimoda | 0(0) | O | - | - | - | - | - | - | 1(0) | 1(0) | |
| Masahiro Ando | 0(0) | - | - | - | - | O | - | - | 1(0) | 1(0) | |
| Kota Yoshihara | 0(0) | - | - | - | - | O | - | - | 1(0) | 1(0) | |
| Yuji Nakazawa | 0(0) | - | - | - | - | - | - | O | 1(0) | 1(0) |